Na serveru jsou nainstalovány dva databázové systémy. MySQL kompatibilní **MariaDB 10.1**, která je v současnosti využívána pouze instancemi WordPressu a **PostgreSQL 10**, který je využíván mailovým serverem, [FTP serverem](3.-FTP-server) a [LXC kontejnery](/5.-LXC-a-LXD-kontejnery) Odoo, Pan.do/ra a SeedDMS. Žádný ze serverů není veřejně přístupný z internetu. Superadministrátorský přistup je u obou databázových systémů omezen na lokální připojení po unixovém socketu, takže nové databáze a databázové uživatele je možno zakládat pouze z příkazové řádky serveru.
[GitLab](5.-LXC-a-LXD-kontejnery) a [OnlyOffice](2.5.-NextCloud-a-OnlyOffice) využívají své vlastní PostgreSQL databáze, které mají nainstalované ve svých LXD kontejnerech.